جامعة زالنجي واحدة من الجامعات الحكومية،قومية الرؤية والرسالة والأهداف،ولائية التمركز والانتشار وتتخذ من مدينة زالنجي حاضرة ولاية وسط دارفور حاليا مقرا لها.تأسست في العام 1994 ضمن منظومة من الجامعات الحكومية الأخرى التي انتشرت في كافة ولايات السودان. منذ نشأتها وحتى ابريل2015م كانت منتشرة بكلياتها ومراكزها المختلفة على امتداد ولايتي غرب ووسط دارفور،إلا أنه ،وبعد انشاء جامعة الجنينة أصبح انتشار جامعة زالنجي قاصرا حتى الآن على ولاية وسط دارفور، وآلت عدد من كلياتها ومراكزها إلى جامعة الجنينة منها :كلية الاقتصاد والدراسات الاجتماعية،كلية التربية مرحلة الأساس،كلية علوم التقانة فرع الجنينة،كلية العلوم الصحية التطبيقة ،كلية تنمية المجتمع فرع الجنينة ومركز دراسات السلام التنمية فرع الجنينة .
تضم الجامعة الآن عدداً من الكليات والمراكز والمعاهد والوحدات هي: كلية الزراعة وهي أولى الكليات إذ كانت تتبع لجامعة الفاتح من سبتمبر سابقاً وهي النواة التي قامت عليها الجامعة ثم ألحقت بها من بعد كل من كلية التربية مرحلة الأساس، كلية التربية المرحلة الثانوية، معهد القرآن الكريم والدراسات الاسلامية، كلية علوم التقانة (دبلومات) وكلية تنمية المجتمع (تعنى بتنمية المجتمعات الريفية والمدنية)، كلية علوم الغابات، كلية الاقتصاد والعلوم الإدارية، كلية علوم الحاسوب وتقانة المعلومات، كلية اللغات والعلوم اللغوية، كلية الطب، كلية الدراسات العليا والبحث العلمي،مركز دراسات السلام والتنمية، معهد جبل مرة للبحوث والدراسات الأفريقية،ومعهد القرآن الكريم وتأصيل العلوم، وحدة التقويم والاعتماد، وحدة التخطيط الاستراتيجى، مركز البيئة ونقل التقانة، مركز المعلومات، إدارة العلاقات العامة والإعلام ، إدارة البحث العلمي وإدارة العلاقات الخارجية وإدارة الخدمات.