أنشأ المعهد في العام 1998م وفق قانون الجامعة للعام 1995م باسم معهد القرآن الكريم والدراسات الإسلامية يمنح درجة الدبلوم الوسيط نظام السنتين لحملة الشهادة السودانية في الدراسات الإسلامية ويمنح شهادة في التجويد والدراسات الإسلامية لحفظة القرآن الكريم، ثم أصدر قرار في العام 2016م قضى بتغيير اسم المعهد ليصبح  معهد القرآن الكريم وتأصيل العلوم يمنح درجة الدبلوم العالي والماجستير والدكتوراه في الدراسات الإسلامية.

الرؤية:

العمل على إنتاج المعرفة على هدى القرآن الكريم، وتعزيز البحث العلمي لتأصيل العلوم، مستجيبة لمتغيرات العصر توجيهاً وإصلاحاً.

الرسالة:

تتمثل رسالة المعهد في تأكيد هوية الأمة وتأصيلها وإثراء الحياة بمقومات الحضارة الإسلامية والإنسانية وتوظيفها لخدمة المجتمع، كما تعنى بالبحث العلمي في قضايا المجتمع من خلال المرتكزات الفكرية الإسلامية المستوعبة لقضايا العصر.

الأهداف:

1. العمل على تحقيق الأهداف العامة للجامعة المنصوص عليها في القانون.
2. تأهيل الكوادر في مجال القرآن الكريم وتأصيل العلوم لمستوى الدبلومات العليا والماجستير والدكتوراه.
3. إجراء البحوث المرتبطة بدراسة القرآن الكريم وتأصيل العلوم وقضايا الإعجاز العلمي.
4. تأهيل وتدريب الأئمة والدعاة.
5. تنفيذ برامج توعوية وتزكية المجتمع.
6. إنشاء وتنمية العلاقات مع الهيئات والمؤسسات المحلية والعالمية ذات الاختصاص في مجالات المعهد.

الغايات:

1.  توفير قاعات ومعمل على الأقل لتدريب الدارسين.
2.  توفير مكاتب لتهيئة بيئة العمل بالمعهد.
3.  التدريب والتأهيل المستمر لجميع شرائح المجتمع.
4.  السعي لربط المجتمع بالمعهد من خلال تقديم برامج توعوية.
5.  السعي لتقديم ورش ومؤتمرات علمية في مجال التأصيل والاعجاز العلمي.

الأولويات:

1. توفير مكاتب للمعهد لتلبي أقسام المعهد وإدارته.
2. توفير قاعات للدراسة والتدريب المستمر للمجتمع.
3. توفير معمل للتدريب والتأهيل. 
4. توفير وسيلة حركة للتنقل بين محليات الولاية المختلفة.