أمانة الشؤون العلمية بجامعة.زالنجي هي المؤسسة الأكاديمية الأولى بالجامعة التي تطًلع بالمهام الأكاديمية من إجراءات القبول والتسجيل، الإشراف على المناهج وإجازتها واعتمادها، مراقبة العمل الأكاديمي بالكليات من نظم ولوائح التدريس والامتحانات ومنح الدرجات العلمية وحتى استخراج الشهادات.
إضافة لما تقدم فإن أمانة الشؤون العلمية مسؤلة عن أعمال مجلس الأساتذة ومخرجات مجالسه ومتابعة تنفيذ قراراته مع الجامعة، كما تطُلع بعمل اللجان الأكاديمية الاستشارية، لجان التدريب ومنح الدرجات الفخرية.
لأمانة الشؤون العلمية دور أصيل في الاعتماد والتقويم والتقييم للأداء الأكاديمي ومشتقاته وبالتالي يمتد دورها إلى تدريب الأساتذة داخلياَ وخارجياَ، ومتابعة أعمال التأليف والنشر وبالتالي فهي تلعب دور ريادي وأصيل فيما يتعلق بالإجراءات الخاصة بتعيينات هيئة التدريس وتدرجهم وترقيهم.
تعتبر أمانة الشؤون العلمية من مؤسسات الجامعة التي تقف في الخط الأمامي لتنفيذ رؤية و أهداف الجامعة والسهر على تحقيق رسالتها العلمية الأكاديمية ودور الجامعة الريادي في خدمة المجتمع وتطوير البحث العلمي وبنياته الأساسية من خلال تجويد العمل الأكاديمي وجميع الإجراءات المتعلقة به.
تعمق أمانة الشؤون العلمية الإدراك برسالة الجامعة في تأهيل الطلاب ورفع قدراتهم وتخريج كوادر مؤهلة ومنافسة داخلياً وخارجياً لخدمة المجتمع، مقابلة متطلبات سوق العمل بمواكبة التطور والحداثة، وأن تمتد رسالة الجامعة إلى خارج السودان عبر تخريج كوادر من بلدان متعددة ورفد سوق العمالة خارج السودان بخريجين ذوو تخصصات متعددة وبقدرات تنافسية تضاهي نظائرها على المستويين الإقليمي والدولي.
وتعمل من أجل ذلك بشكل متكامل مع كليات وإدارات الجامعة المختلفة ومع وزارة التعليم العالي والبحث العلمي وبالتنسيق مع الجامعات والمؤسسات الأكاديمية داخل السودان وخارجه.
والله ولي التوفيق