بدأت كلية الزراعة ضمن كليات جامعة الفاتح من سبتمبر في العام 1991م بمدينة الفاشر ثم انتقلت إلى مدينة زالنجي حيث مقرها الرئيس وفي العام 1994م أسست جامعة زالنجي فكانت الكلية النواة الأولى لها.
مدة الدراسة بالكلية خمس سنوات ينال بعدها الطالب شهادة بكلاريوس العلوم مرتبة الشرف في الزراعة في التخصصات التالية:
علوم المحاصيل ، وقاية المحاصيل ، الإنتاج الحيواني ، الاقتصاد الزراعي، البساتين ، الهندسة الزراعية ،والإرشاد الزراعي والتنمية الريفية.